Narrativa
Beatus ille (1986, Seix Barral)
El invierno en Lisboa (1987, Seix Barral), Premio Nacional de Narrativa (1.ª vez)
Las otras vidas (1988, Mondadori), 4 relatos: Las otras vidas, El cuarto del fantasma, La colina de los sacrificios y Te golpearé sin cólera
Beltenebros (1989, Seix Barral)
Córdoba de los Omeyas (1991, Planeta)
El jinete polaco (1991, Planeta), Premio Nacional de Narrativa (2.ª vez)
Los misterios de Madrid (1992, Seix Barral), novela corta por entregas en El País entre el 11 de agosto y el 7 de septiembre de 1992
Nada del otro mundo (1993, Espasa), en 2011 Seix Barral sacó una nueva edición con 14 cuentos
El dueño del secreto (1994, Seix Barral), novela corta
Ardor guerrero (1995, Alfaguara)
Plenilunio (1997, Alfaguara)
Carlota Fainberg (1999, Alfaguara), novela corta
Sefarad (2001, Alfaguara)
En ausencia de Blanca (2001, Alfaguara), novela corta
Ventanas de Manhattan (2004, Seix Barral), diario
El viento de la Luna (2006, Seix Barral)
Días de diario (2007, Seix Barral), diario
La noche de los tiempos (2009, Seix Barral)
Todo lo que era sólido (2013, Seix Barral), crónica
Como la sombra que se va (2014, Seix Barral), Premio Andalucía de la Crítica
El faro del fin del Hudson (2015, Oficio Ediciones), colección de textos breves sobre Nueva York
Un andar solitario entre la gente (2018, Seix Barral), diario
Tus pasos en la escalera (2019, Seix Barral)
El miedo de los niños (2020, Seix Barral), relato
Volver a dónde (2021, Seix Barral), diario
No te veré morir (2023, Seix Barral)
El verano de Cervantes (2025, Seix Barral)
Entre Úbeda y Mágina (2026, Fundación Huerta de san Antonio), antología autobiográfica
Ensayos
La realidad de la ficción (1992, Renacimiento)
¿Por qué no es útil la literatura? (1993, Hiperión), escrito con el poeta Luis García Montero
Pura alegría (1998, Alfaguara). Este libro, que reúne diversos textos sobre literatura, contiene (al menos en la edición de 2008, Alfaguara) una introducción seguida de dos partes:
La realidad de la ficción: I. El argumento y la historia; II. El personaje y su modelo; III. La voz y el estilo y IV. La sombra del lector (ciclo de conferencias pronunciadas en la Fundación Juan March en enero de 1991)
La invención de un pasado: Destierro y destiempo de Max Aub (discurso de ingreso en la RAE, 16.06.1996); Max Aub: una mirada española y judía sobre las ruinas de Europa (conferencia en El Escorial 18.08.1997, cursos de verano en la Universidad Complutense); El hombre habitado por la voces (prólogo a ¡Absalón, Absalón! de Faulkner, Ed. Debate, 1991); Sueños realizados: invitación a los relatos de Juan Carlos Onetti (prólogo a Cuentos completos de Onetti, Alfaguara, 1994); Memoria y ficción (conferencia leída en el ciclo sobre la memoria organizada por José María Ruiz Vargas en 1995); y La invención de un pasado (conferencia pronunciada en el Departamento de Lenguas Romanas de la Universidad de Harvard, 23.04.1993)
Epílogo: Pura alegría (artículo publicado en ABC en mayo de 1997 con motivo de la publicación de Plenilunio)
La huella de unas palabras (1999, Espasa), antología dialogada realizada por José Manuel Fajardo
José Guerrero. El artista que vuelve (2001, Diputación Provincial de Granada)
El atrevimiento de mirar (2012, Galaxia Gutenberg), 9 textos sobre siete pintores y un fotógrafo:
Hermosura y luz no usada: un tocador de zanfona de Georges de La Tour; El atrevimiento de mirar; Los fusilamientos de la Moncloa; Las ventanas de Hopper; Teoría del verano de 1923; El retrato y la sombra. Chistian Schad; El tiempo y las hermanas Brown; La vocación de Juan Genovés y Miguel Macaya, boxeador de sombras
Artículos
El Robinson urbano (1984, Silene Fábula), recopilación de textos publicados en el diario Ideal (1982-1983)
Diario del Nautilus (1986, Diputación Provincial de Granada), publicados en Ideal (1983-1984)
Las apariencias (1995, Santillana), publicados en ABC y El País (1988-1991)
La huerta del Edén: escritos y diatribas sobre Andalucía (1996, Ollero y Ramos), publicados en El País (1995-1996)
Escrito en un instante (1996, Calima Ediciones), publicados en Diario 16 (1988) y RNE (1992)
Unas gafas de Pla (2000, Aguilar)
La vida por delante (2002, Alfaguara), publicados en El País Semanal (1997-2002)
Travesías (2007, Universidad Autónoma de México), publicados en El País Semanal (1993-1997)