Aprobó las oposiciones para juez en 1981 y su primer destino fue Valverde del Camino, en la provincia de Huelva. Posteriormente fue trasladado al Juzgado de Primera Instancia e Instrucción de Villacarrillo (Jaén). En 1983 ascendió a magistrado, siendo destinado al Juzgado de Primera Instancia e Instrucción n.º 3 de Almería. En 1987 fue nombrado inspector delegado para Andalucía del Consejo General del Poder Judicial y el 29 de enero de 1988 tomó posesión como magistrado del Juzgado Central de Instrucción n.º 5 de la Audiencia Nacional.
Trayectoria judicial
Operaciones contra el narcotráfico
Baltasar Garzón dirigió importantes operaciones contra el tráfico de drogas, especialmente en Galicia. Con la operación Nécora, en 1990, desarticuló la organización liderada por Laureano Oubiña y, con la operación «Pitón» (1991), detuvo a los integrantes del llamado «clan de los Charlines» que operaba en las costas gallegas.
En relación con la operación «Nécora», durante una conferencia en 1994, el magistrado declaró que, a pesar de lo que se manifestaba desde algunos foros, con la legislación vigente en ese momento no se podía luchar eficazmente contra las organizaciones criminales, particularmente contra las redes de narcotraficantes, y se posicionó en una postura crítica hacia el Gobierno y las instituciones, afirmando que en estos aspectos el sistema fallaba «estrepitosamente». Poco antes, en otros medios y en relación con el mismo caso, el entonces presidente del Gobierno, Felipe González, había declarado que hubiera preferido una sentencia «más dura», y que la intención del ejecutivo a este respecto era «romper el espinazo» a las redes del narcotráfico.
El tribunal sentenciador de la operación «Nécora» dedicó cuarenta folios de la sentencia a analizar las escuchas telefónicas ordenadas por Garzón y lo censuró por haber ejercido «un control formal, pero no de fondo, de los pinchazos hechos por la policía». El Tribunal Supremo cuestionó la legalidad de las escuchas telefónicas llevadas a cabo en el caso y en 2003 el Tribunal Europeo de Derechos Humanos dictaminó que se había producido una violación del artículo 8 de la Convención Europea de Derechos Humanos contra Sito Miñanco en esta causa. De hecho, la actuación de Garzón en esta operación fue criticada desde diversos ámbitos
Ricardo Portabales, uno de los «arrepentidos» cuyo testimonio fue clave en la operación para imputar a Oubiña, declaró años después que la operación Nécora «fue un fraude», con el que supuestamente se habría visto obligado a colaborar por presiones de funcionarios adscritos a la investigación que le habrían preparado lo que tenía de declarar.
Caso GAL
Tras su paso por la política en las listas electorales del PSOE, Garzón volvió a la Audiencia Nacional, donde sus investigaciones contra el llamado terrorismo de Estado contribuyeron también a denunciar las acciones de José Barrionuevo Peña, ministro de Interior del PSOE, con relación a los Grupos Antiterroristas de Liberación (GAL), la llamada «guerra sucia» contra el terrorismo.
En 1988, asumió la instrucción del Caso Amedo y Domínguez (sumario 1/88), procesando al subinspector José Amedo y al oficial Michel Domínguez por organizar y financiar atentados de los GAL en el sur de Francia utilizando fondos reservados. Tras la confesión de ambos policías en 1994, el magistrado reabrió la causa principal, lo que derivó en el procesamiento de la cúpula política del Ministerio del Interior del Gobierno de Felipe González.
Respecto al secuestro de Segundo Marey, caso por el que se dieron a conocer los GAL, Rafael Vera, condenado por el Tribunal Supremo, lo recurrió ante el Tribunal Europeo de Derechos Humanos, que dictó sentencia el 6 de enero de 2010. En dicha sentencia se afirma que «la imparcialidad del juez de instrucción Nº 5 de la Audiencia Nacional Española podría estar en entredicho» por las «relaciones personales conflictivas» y la «enemistad manifiesta entre el demandante y el magistrado (Garzón)». Dicho Tribunal no condenó a España, pues otro juez, esta vez Eduardo Moner, del Tribunal Supremo, llevó a cabo una nueva instrucción.
Investigaciones a ETA y su entorno
Garzón ha investigado también a la organización terrorista Euskadi Ta Askatasuna (ETA) y lo que se considera su entorno, tanto político como militar.:
En octubre de 2002, suspendió durante tres años las operaciones del partido Batasuna, considerando que formaba parte del entramado de ETA.
Asimismo ha investigado a otras organizaciones del llamado Movimiento de Liberación Nacional Vasco (MLNV), como Xaki, Ekin, Jarrai, Haika y Segi, alegando que forman parte de diversos frentes del entramado de ETA.
Polémica por su actuación en el caso Sogecable
En 1997 el juez de la Audiencia Nacional Javier Gómez de Liaño procesó a los dos máximos directivos del Grupo Prisa Jesús de Polanco y Juan Luis Cebrián, junto a todo el Consejo de Administración de Sogecable, por un presunto delito de apropiación indebida del dinero depositado por los abonados a Canal +. Al año siguiente el empresario Polanco lo denunció por prevaricación en la instrucción del caso, logrando que fuera condenado por dicho delito y apartado de la carrera judicial. Esta condena por prevaricación a Gómez de Liaño fue celebrada por Felipe González, Juan Luis Cebrián y Jesús Polanco con una cena en un restaurante de Madrid. En 2000 Liaño recibió un indulto del gobierno de José María Aznar que le permitió volver a la carrera judicial, con la condición de no incorporarse a la Audiencia Nacional durante 25 años. Finalmente, en julio de 2008 el Tribunal Europeo de Derechos Humanos, recordando «la importancia que para una sociedad democrática tiene la confianza que los tribunales deben inspirar a los justiciables», estimó que el juicio contra este juez diez años antes no había ofrecido la suficiente «apariencia de imparcialidad» y condenó al Estado español al pago de una multa de 5000 euros por «daños morales».[cita requerida]
La actuación de Baltasar Garzón en este caso Sogecable causó polémica, ya que el 3 de septiembre de 1997 dictó un auto en el que se abstenía de resolver la recusación que Juan Luis Cebrián había presentado contra Liaño, argumentado que había tenido conocimiento de una trama contra el presidente de Prisa, Polanco, urdida por Gómez de Liaño, el también juez Joaquín Navarro Estevan y el conocido abogado Antonio García Trevijano. En medio de un gran escándalo, el Tribunal Supremo abrió un sumario para investigar estos hechos y terminar archivándolo poco después. «La inconsistencia de su denuncia desembocó en el rápido archivo de la causa, pero el terreno quedó abonado para que prosperara la posterior querella [por prevaricación] de Polanco contra Liaño. La conducta de Garzón fue interpretada como un intento de aproximarse al grupo Prisa tras los duros ataques de los que había sido objeto por El País con motivo de su papel en los sumarios de los GAL. Garzón logró su propósito pero gran parte de los jueces y fiscales de la Audiencia Nacional reprobaron duramente su actitud, llegando en algunos casos hasta el extremo de retirarle el saludo».
El periodista de la Cadena SER, propiedad de Prisa, Carlos Carnicero afirmó que Garzón había pactado estas acusaciones suyas contra su hasta entonces amigo Gómez de Liaño en un desayuno en Nueva York con Antonio Navalón, Matías Cortés y Jaime García Añoveros, los tres estrechamente vinculados a Polanco y Prisa (García Añoveros incluso era miembro del Consejo de Administración del Grupo Prisa). «A partir de ese momento, Garzón recibió un trato exquisito por parte de El País». Según escribió el propio Gómez de Liaño «A pesar de la inconsistencia [...] de la recusación, lo que me hubiera permitido rechazarla [...] por fraude de ley y abuso de derecho, me pareció adecuado abrir el trámite, apartarme provisionalmente del asunto y dejar que fuera Baltasar Garzón [...] quien resolviera el incidente procesal. Estaba seguro de que la recusación no podría prosperar. [...] El objetivo de Baltasar era apartarme de la instrucción. Según se descubrió posteriormente, él había urdido el incidente de recusación con personas como el exministro de Hacienda y consejero de PRISA, Jaime García Añoveros, quien se aprestó a comparecer en el incidente en calidad de testigo para responder a una lista de preguntas que llevaba en la cartera. Todo demostraba que Baltasar estaba comprometido con el asunto y que cumplía sin rechistar el encargo encomendado.»
Casos relevantes internacionalmente
Causa contra Augusto Pinochet
Garzón cobró fama internacional por promover una orden de arresto contra el exdictador chileno Augusto Pinochet por la muerte y tortura de ciudadanos españoles y chilenos durante su mandato y por crímenes contra la Humanidad, basándose en el informe de la Comisión chilena de la verdad (1990-1991) y en el caso Caravana de la Muerte instruido en Chile por el juez Juan Guzmán Tapia.
Procedimientos en relación con la dictadura militar en Argentina
Garzón asimismo abrió la posibilidad de que se levantaran en España cargos de delitos de lesa humanidad contra ciudadanos argentinos por la desaparición de ciudadanos españoles durante la dictadura argentina de 1976-1983. En ese marco, el 19 de abril de 2005, la Audiencia Nacional condenó al represor Adolfo Scilingo a 640 años de prisión.
No obstante, sus actuaciones en el caso argentino no están exentas de polémica, ya que informaciones periodísticas posteriores documentaron la negativa de Garzón a investigar aquellas complicidades y responsabilidades en la dictadura argentina llevadas a cabo por funcionarios españoles o personas radicadas en España. Asimismo, la organización Nuevos Derechos del Hombre, que lidera el dirigente de la Unión Cívica Radical Hipólito Solari Yrigoyen, criticó al gobierno argentino por su designación como asesor de la Cámara de Diputados de la Nación, ya que fue decisión de Garzón no extraditar a Argentina ni imputar al ex comisario de la Policía Federal Roberto Almirón, en el marco de la Causa Triple A instruida por el Juez Federal Norberto Oyarbide, advirtiendo Yrigoyen que también puso trabas a la extradición de María Estela Martínez de Perón.
En el año 1998, en el marco de la causa por los vuelos de la muerte, el Ministerio de Defensa español remitió a su juzgado una lista de altos oficiales españoles que acudieron a Argentina en plena dictadura para recibir entrenamiento y compartir experiencias. Además, Víctor Basterra, fotógrafo superviviente de la ex ESMA, declaró ante Garzón que entre sus captores se encontraba un ciudadano español, señalando al oficial de la armada española Coronel(R) Cristóbal Gil y Gil. En el caso de Gil y Gil, el magistrado solo lo llamó a declarar como testigo, pero en el caso del resto de los oficiales ni siquiera fueron citados. Abundando en estos hechos, el coronel español Amadeo Martínez Inglés, uno de los enviados a Argentina para el Curso de Estado Mayor en plena dictadura militar, declaró al diario argentino Página 12: «Cuando regresé a Madrid, tuve que hacer un informe exhaustivo y todo lo pasé a la división de inteligencia, que a su vez tuvo que haber informado al gobierno español. El gobierno español tuvo conocimiento, cuando regresé en diciembre del año 81 (de lo que pasaba en la Argentina). (El gobierno español) Vio todo lo que llegó a mí en un informe que se le pasó». Martínez Inglés, que estaba en esa lista remitida por Defensa, tampoco fue citado a declarar, a pesar de la gravedad de sus manifestaciones.
Caso Guantánamo
El 26 de diciembre de 2003, en el marco del sumario 25/2003, Baltasar Garzón dictó auto de procesamiento contra Jamiel Abdullatif Al Banna y Omar Deghayes por presunto delito de integración en organización terrorista. En la misma fecha pidió su extradición a los Estados Unidos sin que se recibiera respuesta alguna durante los años 2004, 2005, 2006 y 2007. El 14 y el 19 de diciembre de 2007 cursó orden de detención europea contra dichos procesados ante su próxima llegada al Reino Unido. Ambos estaban acusados de pertenecer a la célula española de Al Qaeda.