Etapa en segunda división (2006-2012)
El verano de 2007 trajo muchos cambios tanto en la plantilla como en la dirección del equipo celeste. Además de las ventas de jugadores como Fernando Baiano, Ángel o Nené, fue de gran repercusión la no renovación de contrato de Gustavo López, jugador más valorado de la plantilla del año pasado, e ídolo de la afición. Y eso, junto con la rescisión de contrato de muchos trabajadores del club, contribuyó más a disminuir el apoyo y la masa social del club, que entendían que no se estaban haciendo las cosas bien y vertieron sus críticas sobre Carlos Mouriño. Más tarde se achacó la no renovación de Gustavo a la crisis económica que atravesaba el club, y las altas pretensiones salariales del jugador, que se negó a mantener el salario del año anterior al descenso. La mencionada situación de debilidad económica no impidió a la directiva hacer importantes desembolsos económicos en traspasos como el de Rubén o en fichas de las nuevas incorporaciones.
El proyecto confiado a Hristo Stoichkov no funcionó, y el club acabó la temporada a 2 puntos del descenso a Segunda División B, con 3 cambios de entrenador en la misma temporada
La temporada siguiente, se seguía buscando el asalto a la Primera División con un proyecto totalmente distinto, y así poder recuperar a la afición que había abandonado al equipo. Con palabras del propio Carlos Mouriño se buscaba ser el equipo de Galicia, y por ello se formó una plantilla formada por un gran número de jugadores gallegos.
En el plano deportivo, la temporada no fue muy positiva, terminando a 2 puestos del descenso. En el aspecto económico, el 10 de junio de 2008 se anunciaba que el equipo se acogería a la Ley Concursal, debido a la grave situación económica y a la presión de los acreedores.
Se inicia así una recuperación económica en un club muy maltrecho, y la reconciliación de Carlos Mouriño con la afición. Debido a la buena gestión económica, y a acciones como la inyección de siete millones de euros para sufragar las deudas del club Mouriño se gana el apoyo parte de la afición.
Carlos Mouriño tomó ciertas medidas impopulares que le hicieron perder confianza entre la afición, como la venta del canterano Joselu al Real Madrid por solo un millón y medio de euros, ya que se le veía como un jugador con una gran proyección y por el que se podría haber sacado más dinero en un futuro. El entonces técnico del Celta de Vigo, Eusebio Sacristán, se quedó sin palabras cuando se le preguntó en rueda de prensa por el traspaso del canterano, apuesta personal del entrenador, aclarando más tarde que era necesaria la venta del canterano para la viabilidad económica del club.