Causa judicial
Desde el 7 de septiembre de 2017 se encuentra investigada por la Fiscalía del Tribunal Superior de Justicia de Cataluña por presuntos delitos de prevaricación, desobediencia al Tribunal Constitucional y malversación de caudales públicos, tras firmar el Decreto autonómico para convocar un referéndum de autodeterminación, junto con los demás miembros del Gobierno autonómico. El 8 de septiembre, la Fiscalía exigía fianza para garantizar los gastos que pueda causar al erario público, que cifra en 6,2 millones de euros.
En fecha 2 de noviembre de 2017 la juez Carmen Lamela ordenó su encarcelamiento provisional e ingreso en la prisión de Alcalá Meco sin fianza por la imputación de tres delitos, sedición, rebelión y malversación, que efectúa el Ministerio Fiscal. El 4 de diciembre salió temporalmente en libertad bajo fianza después de que su causa pasara al Tribunal Supremo.
En las elecciones al Parlamento de Cataluña de 2017 encabezó la candidatura por Esquerra Republicana de Catalunya - Cataluña Sí a la circunscripción de Gerona, donde fue elegida diputada. El día 22 de marzo de 2018, una vez finalizada la votación fallida para la investidura de Jordi Turull como presidente de la Generalidad de Cataluña, renunció, junto con Carme Forcadell y Marta Rovira, al acta de diputada.
Un día después, el 23 de marzo de 2018, el magistrado del Tribunal Supremo Pablo Llarena ordenó su ingreso de nuevo en prisión, así como el de Jordi Turull, Carme Forcadell, Raül Romeva y Josep Rull. Llarena argumentó prisión provisional incondicional sin fianza para los cinco tras considerar que había riesgo de fuga y de reiteración de los delitos por los que fueron procesados. También emitió órdenes de detención europea e internacional para casi todos los fugados.
A su vez, Marta Rovira no se presentó y se fugó a Suiza para evadirse de la Justicia española. Bassa fue ingresada en Alcalá-Meco.
El 4 de julio de 2018 fue trasladada al Centro Penitenciario Puig de les Basses, en Figueras. Desde entonces, el centro se ha convertido en un punto de concentración y denuncia por parte de las entidades independentistas de la zona. Se han promovido cenas colectivas y varias concentraciones de apoyo en las puertas del centro. El 1 de febrero de 2019 fue trasladada de nuevo a Alcalá-Meco en un autocar de la Guardia Civil, para hacer frente al Juicio que se prevé comience el 12 de febrero.
El Tribunal Supremo juzga a doce líderes catalanes, entre ellos a Dolors Bassa, por el referéndum y la declaración unilateral de independencia de 2017. El juez LLarena en su auto, acusa a Dolors Bassa de los delitos de rebelión y malversación de caudales públicos, al haber asumido, el 29 de septiembre de 2017, como Consejera de Trabajo y Asuntos Sociales de la Generalidad, el control de todo los locales dependientes de su departamento para garantizar su puesta a disposición al Referéndum de independencia de Cataluña de 2017 a fin de asegurar su éxito, permitiendo a su vez que su departamento soportara parcialmente el gasto de imprimir las papeletas y citaciones para la votación y mesas electorales, así como elaborar el censo electoral. La petición de penas en el escenario judicial de investigado, anteriormente denominado imputado, por los delitos de rebelión y malversación, queda de la siguiente forma, la Fiscalía General del Estado (FGE) solicita la pena de 16 años de prisión y la Abogacía del Estado reduce la petición a 11 años.
El lunes 14 de octubre de 2019, la sala de lo penal del Tribunal Supremo emite la sentencia de la causa seguida contra los 12 líderes catalanes del proceso independentista. A Dolors Bassa le condena a 12 años de prisión por sedición y malversación de bienes públicos e inhabilitación absoluta, siendo absuelta del cargo de rebelión.
El fallo del Tribunal Supremo atribuyó a Dolors Bassa responsabilidades que no le correspondían por su cargo como Consellera de Treball. Según La Vanguardia del 14 de octubre de 2019: "Así lo asegura el apartado de los “hechos probados” del fallo, en su página 48, que textualmente asegura que Bassa “retiró a los funcionarios de Enseñanza y Trabajo, de cuyos departamentos era titular, la competencia sobre los centros de votación, asegurándose la disponibilidad de los centros”. Bassa era titular del departamento de Treball pero no de Ensenyament, que en aquel momento ostentaba Clara Ponsatí, uno de los miembros del Govern de Puigdemont que huyó al extranjero. Buena parte del delito de malversación por el que ha sido condenada se argumenta en base a su participación en la apertura de colegios donde realizar la votación ilegal."