Gobernador de Santander
Las condiciones de seguridad, administrativas y financieras tenían a Santander en los últimos puestos del país, lo que impulsó a Aguilar a renunciar a su curul de diputado en 2002 y presentar su nombre a la Gobernación de Santander para las elecciones de octubre de 2003, en las que derrotó al candidato del Partido Liberal, que llevaba una hegemonía de 17 años controlando a la entidad territorial.
Como primer gobernador independiente de los partidos políticos tradicionales en la historia de Santander; Aguilar estableció un programa de gobierno que denominó 'Santander en Serio', fundamentado en los pilares del cumplimiento de las promesas de campaña, recuperación del orden público y la seguridad, saneamiento de las finanzas públicas, implementación de sistemas de calidad y transparencia, e instauración de la inversión social en todos los municipios del territorio, así como la promoción económica del departamento por medio de la actividad turística.
Hugo Aguilar gestionó y financió con recursos de regalías el Parque nacional del Chicamocha como motor de activación de un centro turístico erigido en el cañón del Chicamocha y que redujera la dependencia petrolera; pavimentó 230 kilómetros de vías; implementó dos agencias de desarrollo económico local para las provincias de Soto y Vélez y restauró el orden público de la jurisdicción, que en 2003 contaba 9 frentes de organizaciones armadas criminales.
Aguilar gestionó la identidad y sentido de pertenencia del Departamento, institucionalizando el 13 de mayo como día de la santandereanidad y promoviendo una cátedra sobre el departamento en las instituciones públicas. También institucionalizó el escudo del Santander; la creación de los Núcleos de Desarrollo Provincial como modelo de organización del territorio; la norma de calidad ISO 9000 y SGP1000 en contratación y manejo financiero; recuperación del parque interactivo de ciencia y tecnología Neomundo en Bucaramanga; sistematización del manejo financiero; construcción de una planta procesadora de cacao para Santander y la recuperación y gestión de culminación del proyecto del puente Barrancabermeja-Yondó sobre el río Magdalena.
Su gabinete de secretarios estuvo integrado por Oscar Josué Reyes Cárdenas, Didier Alberto Tavera Amado, Rafael Valero Cetina y Manuel Enrique Niño Gómez en Gobierno; Emilia Lucía Ospina Cadavid en Hacienda; Ricardo Flórez Rueda y Cristian Rojas Hernández en Salud; Bonel Patiño Noreña, Héctor Murillo, Zoraida Celis Carrillo, Clara Isabel Rodríguez Serrano y Milce Idárraga de González en Educación; Adolfo Pinilla Plata y Rafael Valero Cetina en Infaestructura; Luis Antonio Mesías Velasco y Luis Emilio Rojas Pabón en Planeación; Didier Alberto Tavera Amado, Juan Carlos Sierra Ayala, Guillermo Henrique Gómez París, Samuel Prada Cobos y Holger Díaz Hernández en Desarrollo; Víctor Hugo Morales Núñez e Iván Darío Porras Gómez en Agricultura y Desarrollo Rural; Juana Yolanda Bazán Achury y Gladys Elfidia Ballesteros Miranda en General; Gilberto Tirado Pardo, Mary Matilde Quijano Orduz y María Aidé Afanador Moreno en Privada; y Jorge Céspedes Camacho y Oscar Alfonso Téllez Valenzuela en Jurídica.