Megamixes
El periodista tuvo una etapa muy escueta haciendo megamixes, concretamente el mix 40 principales, para la discográfica Max Music. Hay dos versiones, la que se vendía (la suya) y la que se promocionaba en radio, realizada por Toni Peret y José María Castells.
Director de deportes de la COPE
Desde 2000 dirigió la redacción de deportes de la cadena COPE y presentó cada noche el programa de deportes El tirachinas, que incluía, hasta el 1 de septiembre de 2009, el espacio El radiador, donde revisaba toda la actualidad deportiva de forma humorística en compañía de los imitadores del Grupo Risa. A su vez dirigió un programa musical en Rock & Gol por las mañanas de lunes a viernes, El show de Abellán, y fue galardonado en 2004 con el Micrófono de Oro en la categoría de radio.
La polémica del EGM
En 2006, una infiltración de periodistas en el estudio general de medios organizada por él desató una fuerte polémica mediática y jurídica. La infiltración consistió en que reporteros bajo sus órdenes fueron contratados, ocultando su condición investigadora, como miembros del equipo de encuestadores para la elaboración de dicho estudio. Según Abellán, se trataba de una investigación para poner al descubierto la vulnerabilidad y poca fiabilidad del proceso de recogida y tratamiento de datos que sirve para establecer los índices de audiencia de los medios, de importancia capital porque determinan sus ingresos publicitarios. Por su parte, la AIMC afirmó que lo que habían hecho los periodistas de la cadena COPE había sido inflar los datos relativos a dicha cadena, competidora de la SER, durante varios meses. En aplicación de su versión de los hechos, y no atendiendo a la versión que a posteriori dio Abellán y respaldó su emisora, la AIMC expulsó a la cadena COPE de la organización y la apartó del EGM. Tras varias semanas en que esta decisión quedó en suspenso por orden judicial, COPE y la AIMC llegaron a un acuerdo mediante el cual, tras aceptar la cadena de radio el pago de los costes del proceso, esta podía volver a la organización y al informe de audiencias.
Tiempo de juego y otros proyectos
Desde septiembre de 2006 se hizo cargo del programa Tiempo de juego tras la marcha de Edu García a Radio Marca.
En septiembre de 2007 retornó el formato de La jungla a Rock & Gol (ahora Rock FM), con nuevos colaboradores, nuevo horario (de 8:00 a 12:00) y nuevo nombre, El show de Abellán.
En julio y agosto de 2008 recorrió los Estados Unidos de costa a costa en moto para contar en primera persona cómo es la América profunda, en el contexto de un proyecto que llamó Deep USA.
Primeros rumores de abandono
Entre mayo y diciembre de 2009 estuvo a punto de abandonar la COPE, incómodo por los rumores que apuntaban a que la emisora, insatisfecha con sus resultados de audiencia, pretendía fichar al grueso del equipo de deportes de la Cadena SER. Finalmente, renovó por una temporada más, la 2009-2010.
En mayo de 2010 inauguró en Alcantarilla, junto con diversas autoridades, el pabellón polideportivo municipal que lleva su nombre.
Renovación y despido
El 8 de junio de 2010, la Cadena COPE anunció la renovación del contrato de Abellán. Sin embargo, la marcha de Paco González de la Cadena SER llevó a la dirección de la COPE a hacerse definitivamente con sus servicios el 13 de junio, prescindiendo de los de Abellán. El 30 de julio, un comunicado de la emisora anunció la destitución de Abellán de su cargo de director de deportes y el fin de las emisiones de El tirachinas durante tiempo indeterminado.
El 17 de febrero de 2017, en La voz de César Vidal, relató cómo fue su cese en la COPE, así como las consecuencias que le ha acarreado desde entonces.
Punto Radio
Entre julio de 2011 y enero de 2013 fue el director de deportes de la cadena ABC Punto Radio.
Radio 4G
Entre la primavera de 2014 y enero de 2019 presentó de lunes a viernes, de 6:00 a 11:00, La jungla 4.0, con Rosa García Caro, Felipe de Luis, Álex Fidalgo, Javi Pérez-Sala y Electric Nana, entre otros colaboradores.
La Jungla Radio
Desde el 22 de enero de 2019, dirige y presenta Bienvenido a la jungla de 6:00 a 11:00. El programa se emite en el portal La Jungla Radio y en muchas emisoras locales de España.
Polémica investigación
Desde su polémica salida de la cadena COPE, el periodista se ha visto envuelto en una investigación periodística acerca de la presunta corrupción de algunos directivos de dicha emisora, que, supuestamente, y siempre según declaraciones del propio José Antonio, se habrían lucrado personalmente con fondos destinados a beneficencia, obtenidos mediante la celebración de conciertos benéficos (legales) para diversas causas.
El resultado de dicha investigación está publicado en los canales de Twitch y YouTube del periodista, y toda la documentación obtenida en el transcurso de la investigación, que probaría dicho desfalco y enriquecimiento ilícito está a disposición de las autoridades pertinentes.
Según el propio Abellán, esta investigación le ha causado tremendos problemas, entre ellos, el ostracismo profesional, llegando incluso (siempre bajo su propia declaración) a intentar su eliminación física en dos ocasiones, ambas fallidas.