Afiliación al Partido Popular
Cuando el Partido Popular ganó las elecciones para la Asamblea de Madrid en 2003, la nueva presidenta de la Comunidad de Madrid, Esperanza Aguirre, le convenció para que entrase en su gabinete.
En 2007 formó parte de las listas del Partido Popular para la alcaldía de Leganés, en una candidatura liderada por Guadalupe Bragado. En esa época no residía en la ciudad. Su lista fue la más votada y Bragado fue investida alcaldesa, pero 23 días después perdió el cargo por una moción de censura impulsada por el PSOE e Izquierda Unida. Durante el breve tiempo que Bragado estuvo al mando, Gómez fue segundo teniente de alcalde y encargado del área económica.
Meses después de la moción de censura, se convirtió en el cabeza de lista del Partido Popular en Leganés y estableció su residencia allí.
En las elecciones de 2011 encabezó la lista del Partido Popular. Su formación volvió a ser la más votada, manteniendo sus 12 escaños y la mayoría simple, pero esta vez PSOE e Izquierda Unida no sumaban más concejales para una coalición por el ascenso del partido local ULEG. De este modo, Jesús Gómez fue investido alcalde el 11 de junio de 2011 con un gobierno en minoría.
Alcaldía de Leganés (2011-2015)
Jesús Gómez solo permaneció cuatro años al frente del ayuntamiento de Leganés. Su mandato estuvo marcado por la reducción de gasto público y la falta de entendimiento con el resto de grupos políticos, que llegaron a bloquear algunas de sus medidas en el pleno.
En el primer año, la oposición denunció que Gómez cobraba 103 000 euros por cuatro sueldos públicos, entre su salario como alcalde, las dietas como diputado en la Asamblea de Madrid, un puesto como consejero en Caja Madrid y otro como miembro del consejo de administración de Bankia Inversiones. El alcalde aseguró que en realidad percibía dos salarios, de 90 000 euros en total, y añadió que destinaría la mayor parte de sus dietas a Cáritas.
Además, enfrentó las protestas de asociaciones de vecinos por su política de dotación de servicios. Los de Arroyo Culebro protestaron por una cesión gratuita de una parcela pública, valorada en 33 millones de euros, para construir un colegio privado concertado que se concedió a la sociedad Anta Educación. Y los vecinos de La Fortuna, barrio alejado del casco histórico de la localidad, clamaron contra el cierre de las urgencias sanitarias a mediados de 2012. Aunque Gómez declaró que había solicitado al consejero de Sanidad que no suprimiera este servicio, se le acusó de haber votado a favor de dicha medida en la Asamblea de Madrid, en referencia a la votación de la Ley de Acompañamiento de los Presupuestos.
Aunque Jesús Gómez quería presentarse a la reelección y su grupo local le apoyaba, el Partido Popular de la Comunidad de Madrid le apartó de las listas por los malos resultados que deparaban las encuestas, así como por su mala relación con el resto de partidos. La presidenta del PP de Madrid, Esperanza Aguirre, alegó en una entrevista que le faltaba «inteligencia emocional» para ejercer una alcaldía, dejando a su antiguo aliado sin opciones. A dos meses de las elecciones de 2015, el PP eligió de candidata a María Eugenia Carballedo Berlanga y creó una gestora para arrebatar a Gómez el control de la formación local. Dos años después, el ya exalcalde aseguró en una entrevista que PP madrileño le había retirado después de denunciar que Ignacio González tenía una cuenta bancaria en Suiza.