2003: La llegada a la presidencia
Tras la dimisión de Gaspart en febrero de 2003 y la presidencia interina de Enric Reyna, se convocaron elecciones. Laporta presentó oficialmente su candidatura a las elecciones celebradas el 15 de junio de 2003, siendo estas recordadas por ser las elecciones con el mayor número de candidatos que ha habido nunca en unas elecciones barcelonistas, con un total de seis (Joan Laporta, Lluís Bassat, Jaume Llauradó, Josep Martínez-Rovira, Josep Maria Minguella y Jordi Majó). Todas las encuestas daban como gran favorito a Lluis Bassat, que se presentó a las elecciones respaldado por prestigiosos personajes de la sociedad catalana y barcelonesa, como Miquel Roca Junyent, Salvador Alemany, Evarist Murtra o Judit Mascó, y presentó al exjugador Pep Guardiola como futuro director deportivo en caso de ganar las elecciones.
Laporta fue el último candidato en presentar públicamente su candidatura. Lo hizo con el eslogan electoral Primer, el Barça (Primero, el Barça), y rodeado de un gran equipo de jóvenes y exitosos empresarios de entre 35 y 45 años que aseguraban estar decididos a dedicar "los mejores años de su vida" al F. C. Barcelona. El programa del equipo de Laporta proponía una ruptura total con el pasado.
En el plano deportivo, definió su programa con la metáfora del "círculo virtuoso": prometió la contratación de dos grandes estrellas mediáticas y tres jugadores excelentes que dieran títulos y espectáculo, devolvieran al club al primer lugar deportivo y mediático mundial y, con ello, generasen un incremento de los ingresos económicos que, a su vez, permitiesen seguir fichando grandes jugadores. Además, pese a que Laporta no lo dijo abiertamente en ningún momento, los medios de comunicación anunciaron que Johan Cruyff (del que Laporta era, además de amigo, su abogado personal) apoyaba la candidatura de Laporta.
La candidatura del equipo de Laporta causó gran impacto entre la opinión pública catalana. A diferencia del resto de candidatos (cuya edad rondaba los 60 años), Laporta apareció como un joven apuesto y decidido, con un gran dominio de la oratoria y los medios de comunicación. Hacían sus presentaciones utilizando las nuevas tecnologías de la información (fueron bautizados por la prensa como los chicos de la generación PowerPoint) y hablando perfectamente tanto el catalán como el castellano o el inglés. Además, durante los actos de la campaña electoral, Laporta alternó sus intervenciones televisivas con otros jóvenes miembros de su candidatura: Sandro Rosell era el que iba a los debates si se trataba de cuestiones deportivas, Soriano si trataba de cuestiones económicas, etc. Con eso transmitieron la sensación de ser un grupo de jóvenes bien preparados que trabajaban en equipo, lejos de estilo presidencialista anterior. Un periodista inglés que cubría la campaña electoral describió a Laporta como "el Kennedy barcelonista", definición que fue recogida por los medios de comunicación catalanes.
Pese a que la candidatura de Bassat partía como gran favorita en todas las encuestas, fue perdiendo fuerza a medida que se acercaba la fecha electoral. Según los analistas de la campaña, Bassat acusó no ser un experto en temas futbolísticos, no saber explicar su idea de que la Fundación del F. C. Barcelona se separase del club, y el hecho de que, al ser el favorito, todos los demás candidatos centrasen en él todas sus críticas. Laporta, en cambio, fue recortando distancias hasta convertirse, los últimos días de campaña, en un claro candidato a la victoria. La última semana de campaña, además, anunció un acuerdo con el Manchester United por la contratación de David Beckham, que el propio Manchester corroboró anunciándolo en la web oficial del club inglés.
Finalmente, el 15 de junio tuvo lugar la jornada electoral y, pese a que no había partido en el estadio y fue un día de intenso calor, hubo una afluencia masiva de socios a las votaciones. A la hora del recuento se produjo una gran sorpresa: no solo había ganado Laporta, sino que lo había hecho con un margen de diferencia superior al esperado en todas las encuestas.
Los resultados fueron: Joan Laporta: 27.138 (52,57%); Lluís Bassat: 16.412; Jordi Majó: 2.490; Josep Martínez-Rovira: 2.388; Josep Maria Minguella: 1.867; y Jaume Llauradó: 987.
Laporta se convirtió entonces, con 41 años, en el cuarto presidente más joven de la historia del F. C. Barcelona.
2003-2004: Primera temporada del cambio
Apoyado en gran parte de los consejos de Johan Cruyff, y por otra en la labor del vicepresidente deportivo Sandro Rosell, cambió radicalmente las estructuras deportivas del club y fichó como secretario técnico al exjugador Txiki Begiristain.
Destituyó al entrenador Radomir Antić e intentó fichar, primero a Guus Hiddink, pero este rechazó el ofrecimiento pues el club barcelonista, con graves problemas económicos, le ofrecía un contrato inferior al que cobraba en el PSV Eindhoven. Posteriormente intentó fichar al entonces entrenador del Ajax Ronald Koeman, pero el Ajax quiso cobrar un traspaso que el Barça no estuvo dispuesto a pagar. Finalmente apostó como entrenador por el neerlandés Frank Rijkaard, pese a que apenas contaba con experiencia como entrenador.
En cuanto a los jugadores, Laporta no pudo fichar al jugador que había anunciado durante la campaña electoral: David Beckham fichó por el Real Madrid. Aun así, a pesar del poco tiempo para preparar la nueva temporada y la falta de recursos económicos en el club debido a la mala gestión del club por parte del anterior presidente Joan Gaspart, Laporta lideró una profunda renovación en la plantilla del primer equipo de fútbol: dio la baja a 12 jugadores, e invirtió 44,4 millones de euros en siete incorporaciones (Ronaldinho (27 millones de euros), Quaresma (6M€), Rafael Márquez (5M€), Luis García (4M€), Mario (2,4M €), Rustu (0€), y Gio Van Bronckhorst (0€)). Ante la mala marcha del equipo en los primeros meses, en enero se incorporó al equipo al mediocentro Edgar Davids, cedido por la Juventus.
En su primera temporada como presidente (2003-2004), el equipo de fútbol tan solo conquistó la Copa Cataluña, y quedó segundo en la Liga española de fútbol, pero recuperó la ilusión de los socios barcelonistas, que volvieron a llenar el Camp Nou, especialmente en la segunda vuelta de la temporada, en la que el equipo encadenó 17 partidos sin perder. Un dato concluyente es que, a lo largo de esa temporada, se incrementó en 25.000 el número de socios del club, llegado a los 130.000 a finales del año 2004. Como anécdota de la temporada queda la decisión que tomó el presidente en el partido de la 2.ª jornada, Barcelona-Sevilla, que fue la de jugar a las 00:05 de la noche para evitar un conflicto con la Federación.
Desde un punto de vista social, una de las primeras medidas que tomó al llegar a la presidencia de la entidad azulgrana fue erradicar la violencia, en especial de un sector del grupo "Boixos Nois", por lo que recibió insultos y amenazas de muerte de estos aficionados.
Las buenas sensaciones que transmitió el equipo de fútbol y la directiva durante su primera temporada convirtieron a Laporta en uno de los personajes más conocidos de Cataluña. Incluso se le nominó al premio de "Catalán del año".
2004-2005: La primera Liga y la primera crisis en la directiva
Antes del inicio de la segunda temporada, el equipo directivo liderado por Laporta y Rosell llevó a cabo una gran renovación de la plantilla iniciada el año anterior: dio 16 bajas (Andersson, Cocu, Davids, Kluivert, Luis Enrique, Luis García, Mario, Óscar López, Overmars, Quaresma, Reiziger, Ros, Rustu, Santamaría, Saviola, Sergio García) e invirtió 67,5 millones de euros en 9 jugadores (Samuel Eto'o, Deco, Edmílson, Giuly, Belletti, Silvinho, Larsson, Maxi López y Demetrio Albertini).
La segunda temporada con Laporta al mando fue muy bien, con el equipo líder de la liga española durante casi toda la temporada, y desplegando un fútbol que fue elogiado por la mayoría de medios de comunicación. Los únicos reveses fueron las eliminaciones en la Liga de Campeones (en octavos de final, a manos del Chelsea inglés) y de la Copa del Rey. No obstante, el Barcelona dominó la Liga española y el 14 de mayo de 2005, poco antes de cumplirse su segundo año de mandato presidencial, el equipo se proclamó campeón de Liga.
La liga acababa con seis años de sequía de grandes títulos en lo futbolístico, y desató la euforia en las calles de Barcelona, que celebraron el título por todo lo alto. La mayor parte de la opinión pública catalana consideró el título de liga como la confirmación del éxito del modelo que Laporta había implantado en el club.
Sin embargo, a pesar de lo bien que había ido la temporada futbolística, la temporada 2004-2005 no había sido una temporada tranquila para Laporta. Desde principio de temporada se había ido aumentando el distanciamiento con el vicepresidente deportivo Sandro Rosell, que discrepaba de algunas decisiones del presidente, y de los consejos que Cruyff le daba a Laporta. A mediados de temporada el divorcio entre Laporta y Rosell se hizo público, y las tertulias deportivas de radios y televisiones hablaban abiertamente de las disensiones en el interior de la junta. Varios medios de comunicación hicieron encuestas que revelaron que la mayoría de los socios tendían a dar la razón a Sandro Rosell, el vicepresidente al que los socios atribuían los éxitos de la política deportiva del ámbito futbolístico, y del fichaje de jugadores como Ronaldinho.
Esa temporada también se produjeron dos sucesos que erosionaron la relación de Laporta con otros directivos. Por una parte, Laporta incluyó en la directiva del club a su excuñado, Alejandro Echevarría, conocido en círculos barceloneses por su ideología franquista, contraria a la del resto de componentes de la junta.
Por otra parte, se produjo una doble polémica en las secciones deportivas del club. Primero, porque Laporta nombró como nuevo director general de las secciones deportivas profesionales (que incluían el baloncesto, balonmano y hockey sobre patines) al exentrenador de balonmano Valero Rivera, contra la opinión de Sandro Rosell, de Josep María Bartomeu (directivo responsable de las secciones), de Enric Masip, recién nombrado por el propio Laporta como Director Técnico de la sección de balonmano, y de los responsables de la sección de baloncesto. Massip dimitió el mismo día de la presentación de Rivera, a la que tampoco asistió el entrenador del equipo de baloncesto, Svetislav Pešić. Al cabo de pocos meses, y ante las protestas del público del Palau Blaugrana por la mala marcha del equipo de baloncesto, dimitió Valero Rivera. El equipo de baloncesto, que a la llegada de Laporta a la presidencia era el vigente campeón de la Euroliga y la Liga ACB, había ido a menos en los dos últimos años. Tras una nueva derrota, dimitió Joan Montes como entrenador del equipo. En el acto de presentación de Manolo Flores como nuevo entrenador se escenificó públicamente el divorcio entre Laporta y Josep María Bartomeu, directivo responsable de las secciones. Al día siguiente, tras la celebración de una junta extraordinaria, Bartomeu fue destituido por Laporta como responsable de las secciones.